2014年6月，合肥市人民政府与中科院合肥物质科学研究院签订《战略合作协议》，共建中科合肥技术创新工程院、中科院（合肥）技术创新工程院有限公司，采用“两块牌子一套人马”的企业化运作方式推进科技成果的转移、落地。

 自成立以来，合肥创新院紧密围绕科技成果转化，努力构建“技术孵化、技术转化、企业孵化、创业投资”四位一体的创新机制，建立起创新链、产业链、人才链、资本链、服务链五大要素紧密融合的创新创业生态环境。同时，通过集中突破一批关键核心技术，协同推进原始创新、技术创新和产业创新，朝着数字经济、生命健康、新材料三大领域产业链关键技术研发和龙头企业培育高地不断迈进。因在探索科技成果转化机制、人才引进机制、市场化薪酬制度等方面的突出表现，创新院于2016年11月被列入安徽省首批“全面创新改革试验试点单位”，并于2018年10月入选国家发改委发布的《全面创新改革试验百佳案例》。
       协同发展，奋力前行。创新院将坚持创新体制机制，采取规范、灵活的市场化运作，积极参与本地区创新驱动发展战略的实施，挖掘和整合海内外科技资源，完善技术创新价值链各环节建设以及技术转移转化体系，促进科技成果的创新与集成，最终形成科技成果持续再生、开放流动和有效转化的技术转移新机制，为区域发展创造更多的经济效益和社会效益。